前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

　　这个学校到底在搞什么东东？！这个兽耳少女到底是什么鬼啊？　　谜样兽耳少女的真面目揭晓！？ 笑闹暴走的三人新生活一团乱登场！　　羽濑川拓人，一个平凡无奇且极度中庸的高中生，不管做什么事都不突出，表现也是一路平～～到底，在学校甚至有“2年B班平均分数计算机”之称。然而如此平凡的他，却是在隐藏于现代社会的“魔法学园”上课的魔法师候补生之一。为了成为一位合格的魔法师，拓人必须参加各式各样的艰难竞技测验，但他却在“召唤实技Ⅱ”的补考中叫出了魔力值十万以上、神格值五千、属性不明且有着野兽耳朵的美少女“塔娜罗特”。这位謎样少女的出现，让魔法学园以及神界、魔界卷入了一场巨大的骚动！为了防止“塔娜罗特”再度暴走，学园因此强迫拓人、铃穗与她展开三人的同居新生活。孰知～～～塔娜罗特和铃穗为了争夺拓人，竟在学园展开一场大混战，两人把学园烧得乌烟瘴气，害得拓人因此被罚在家闭门思过。然而这时，一双跟他们三人毫无关系的阴谋魔手，却悄悄逼近他们身后……

　　鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。　　大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。　　战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。

　　一次车祸让远野志贵（铃村健一 配音）拥有了能够看到“死之线”的能力。死之线是一些遍布在各种物体上的线，只要沿着它切割，就能轻易的摧毁物体，这种能力让志贵苦恼不已。一日放学的途中，志贵遇见了一名白衣女子，体内突然产生的杀意让志贵措手不及，还未反应过来便将女子切成了碎片。第二天，本该死去的女子却站在志贵的面前，她告诉志贵，自己叫做艾尔奎特（生天目仁美 配音），是拥有不死之身的吸血鬼，一直追踪并企图消灭死徒罗阿（三宅健太 配音）。志贵的攻击让艾尔奎特的身体极度衰弱，因为，在恢复之前，志贵必须肩负起保护她安全的职责。　　在目睹了罗阿的暴行之后，志贵决定加入消灭罗阿的队伍中去。同时，教会的雪露（折笠富美子 配音）也同罗阿有着难解之仇。在追踪罗阿的过程中，志贵渐渐发觉有一些非比寻常的记忆正在脑海中苏醒，一直坚信着的自己的过去，竟然是一个骗局。

　　Tanaka Tetsuro is excited at getting a full scholarship at a new high school, far away from his family. What he does not know is that he will be the only boy in an all girl school, and that there is a girl head-over-heels in love with him, waiting for his arrival. But his special friendship with the very cute and dynamic Asuka also causes him to get into a lot of trouble with the powerful student council leadership, as they are at open war with Asuka and her five friends, a group of super amazon warriors called the Koi Koi Seven.

在车站目送明彦的远去，心里当然不是滋味...几通电话后，这个心急的女孩竟然也跑到pia4号店来打工（不知道她是怎么死缠滥打过来的），人家刚来，自然要带人家到处走走看，一个篮球勾起Sayaka的回忆...渐渐的，Sayaka已适应美崎町得打工生活，为了答谢明彦的带领，Sayaka每天都给他作早饭（看到她很高兴的样子，实在是不忍心回答吃后真实想法）。在美崎海岸的选美比赛上，为Sayaka摇旗呐喊吧，当然，Sayaka也会冠军优胜哟。一切都是那么自然，两个人的关系是越走越近...又是一段误会，引起了明彦的自责，逃避Sayaka，甚至是任何人，在临走时，明彦作了“胸中告白”并留下了当时的合影，走了，永远离开的美崎町，“可能再也不能跟Sayaka见面了吧”。

　　60岁的立花源也和28岁的摄影师井田恭二不远千里跋山涉水上门去拜访隐居了三十年的一代影星藤原千代子，为了给她拍摄一生自传的纪录片。款款前来的千代子虽然已界75岁高龄，但仍然优雅美丽，左眼下标志性的小痣也仍然俏皮。立花双手递上一把钥匙，千代子深受震动，称这把钥匙是开启一个 秘密的关键，当年她不慎丢失，今日竟还能再回手中。千代子的思绪飞到老远。　　1926年9月1日，藤原千代子呱呱坠地，水灵清秀的她16岁就被星探发掘，然而直到遇上一个画家，她救他于乱世中，藏于自家仓库内，他赠她一把钥匙，说这是开启秘密的关键，并承诺再与她重逢时带她去看北海道的雪。然而次日千代子放学归家时画家已经因为逃开追捕逃离远去。　　千代子自此进入电影圈，只因为画家最后说他会去满洲作战，而第一部电影承诺会去满洲取景。从此千代子的银幕生涯拉开，拍摄了代表日本战国、幕府、大正及昭和等四个不同时期的大时代爱情故事。在每一个故事里，千代子都在奔跑，追寻着自己的真爱。场景与她本身的故事糅合在一起，虚实难分。立花和井田紧随其后身临其境，时而变成故事中人物。　　然而千代子丢失了钥匙，心灰意冷的她嫁给了一直追求她的导演大泷。到后来她发现一切是一个精心布下的骗局，千代子认清事实后决意继续找寻自己少女时代的所爱。

　　更达（石田彰 配音）和更纱（木村亚西子 配音）是一对孪生兄妹，在出生的那一刻，更达即被冠上了“命运之子”之名，成为了整个国度的希望，希望他能够推翻昏庸的君主建立新的国度。一次意外中，更达和更纱遭遇了赤王朱里（井上和彦 配音）的军队，所幸被扬羽（盐泽兼人 配音）所救。数年后，赤王的军队以造反罪处死了更达，为了复仇，悲愤的更纱女扮男装扮作更达带领村民们逃离故土。　　传说中，只要寻得四把宝刀，即可获得强大的力量，心中充满仇恨的更纱踏上了寻刀之旅。可是天意弄人，在途中，她与朱里相遇了。不是以赤王和更达的身份，作为一个普通女子和一个寻常男子，不知情的两人相爱了。背负着沉重宿命的两人在得知真相后皆痛不欲生，但是责任与道义使得二人不得不兵戎相向。最终，更纱决定放弃更达的身份，放弃憎恨和复仇，她原谅了朱里，可是一直支持她的众人却不能原谅她。

　　仁岁千岁（岸尾大辅 配音）自幼失去了父母，在孤儿院里长大，成人后，他住进了父母留给自己的房子里。偌大的屋子内，常年只有他一个人在走动，这份孤独狠狠侵蚀着他的内心，让他常常处于孤独之中。　　某日，五名个性迥异的老师们住进了千岁的房子里成为了千岁的房客。情绪波动非常大的爱哭鬼一文字睦月（浅野琉璃 配音）、沉默寡言面无表情的二之舞如月（木村亚希子 配音）、身为保健老师同时也是剑道高手的三世院弥生（井上喜久子 配音）、个性开朗充满了活力的四天王卯月（古山贵实子 配音）和运动健将五箇条五月（笹岛芳 配音），这五位老师的出现带给了千岁人生新的希望。

　　世上有一种被称为Piatoris的神奇物质，可以在人的意志之下化梦想为现实。憧憬新时代能源的吉村护，满怀期待的想要进入东京Piatoris综合大学附属高等学校，然而等待他的是千人选一的入学考试……刚转学而来的吉村护，突然遭遇了2年级学生治安部长鹰栖绚子的告白：“亲爱的，和我……请和我交往吧！”。作为某位大政治家的孙女千金小姐绚子，是一个长相美丽性格能够击落彗星的少女，同时也是被称为“魔女Piatoreche”和“Piatoris的死天使”的新时代Piatoris能源使用者的天才。绚子的告白周围引发了从未有过的一片大混乱。两个人的奇妙的恋爱故事就这样轰轰烈烈地开始了……